Em circunstâncias normais, as proteínas dos alimentos são reconhecidas pelo organismo; já na alergia alimentar, o alimento é visto como uma ameaça e o sistema imunológico faz uma reação anormal para o seu combate.

Para alergia alimentar acontecer, precisamos do alimento com alta carga de proteínas alergênicas, suscetibilidade genética, além das alterações dos mecanismos de defesa.

O histórico familiar parece ser o mais importante fator de risco, de forma que a criança tem 40% de chance de ter alergia alimentar, se um familiar direto (pai, mãe ou irmão) tiver histórico de alergia, e 80% de chance, se dois familiares tiverem histórico de alergia.

O intestino é visto como um importante órgão imunológico e alterações na sua estrutura como uma barreira física e na composição da sua flora bacteriana também interferem no risco de alergia alimentar. 

Os bebês, por terem uma barreira intestinal mais permeável, acabam tendo um risco maior na sensibilização. Fatores ambientais como tipo de parto, duração do aleitamento materno, dieta, uso de medicações, entre outros, interferem na microbiota, que vem sendo cada vez mais estudada e apontada como fundamental para o sistema de defesa.